Fundado en 1962 como Club Polideportivo Alerta.
En las primeras temporadas participó en competiciones del Comité de fútbol infantil (agrupación de clubes infantiles de Vigo), debido a que en aquel momento la Federación de Fútbol no tenía bajo su tutela a la categoría infantil.
En 1986 se cambió la denominación por la de Club Polideportivo Alerta-Traviesas debido a la fusión del C.P. Alerta con el Club Deportivo Traviesas, uno de los clubes más antiguos de Vigo en la categoría aficionado y que poseía un gran historial en las competiciones más importantes de la comarca.
A partir de la temporada 2010 se incorporó la S.D. Navia, actuando como filial y en Junio del 2012 se realizó la fusión con el C.P. Alerta Traviesas adoptando su nombre actual de Club Polideportivo Alertanavia.
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